Usted mismo lo dice "...al firmar el contrato pude observar que sus precios eran mas iva..."  sin embargo creyo que no hiba a necesitar factura y al corroborar con su contador que si la requiere esta recapacitando en el impuesto, y la respuesta a su pregunta de que si es legal?, definitivamente que es legal, al momento que la empresa prestadora del servicio le extienda su factura, tiene la obligatoriedad de cobrarle el IVA, para a su vez enterarlo al SAT.