Si te contratan por Honorarios (Servicio profesionales para LISR)

no tendrias derecho a las prestaciones de

1 Vacaciones

2 prima vacacional

3 aguinaldo

cuando la empresa ya no requiera tus servicios tampoco te daran una, indemnizacion o finiquito

en tu comprobante fiscal debera la empresa retenerte el IVA y EL ISR

EJEMPLO:

Honorarios:      10,000

IVA  16 %            1,600

Subtotal            11,600

ISR Ret 10 %      1,000

IVA Ret (2/3)        1,066.67

TOTAL                9,533.34

Para emitir comprobantes fiscales tendras que darte de alta en el SAT Tramitar tu Firma electronica, Clave CIEC, y para timbrar tus comprobantes fiscales tendras que tramitar sellos digitales,

ocuparas hacer declaracione mensuales para lo cual requeriras el servicio de un contador Publico

Sin embargo la empresa (patron) si puede ser demandada a futuro porque existiria la relacion de subordinacion esto es un tema extenxo que tardaria tiempo en explicartelo para lo cual si deseas una asesoria mas extensa deberas 

pagar el servicio de un abogado laborista y de un contador de impuestos  para que te expliquen mas a detalle