Buen día, por lo común, cuando hacen una verificación, si se encuentran anomalías, se registran en el acta y posteriormente le llega un ordenamiento donde se le indica las cosas que debe corregir, con un plazo al término del cual habrá nueva visita para ver que se hayan corregido las observaciones. Si ya está todo bien, lo constata el verificador y levanta nueva acta y entonces llega un escrito nuevo donde se da fin al procedimiento, en vista de que se ha cumplido con la corrección de las anomalías encontradas. 

Si en la primera visita el verificador considera necesario, se dictan medidas de seguridad, las que  tendrán la duración estrictamente necesaria para la corrección de las irregularidades respectivas, de acuerdo al artículo 82 de la ley federal del procedimiento administrativo. Si el doctor corrigió las observaciones que le hicieron,no debería tener problema. 

Si la autoridad dictó una medida que afecte al doctor en este caso, si ya la corrrigió puede realizar un escrito, mencionando lo anterior, ademásde los agravios que le causa y solicitando se ponga fin al procedimeitno administrativo. Si ya está concluido el procedimiento y la resolución no es favorable, se puede interponer el recurso de revisión ante lamisma autoridad que emitió el acto impugnado, en un plazo de 15 días. 

Puedes checar la Ley Federal del Procedmiento Administrativo.