En respuesta a su consulta, le informo.

Si en el REglemento Interior de Trabajo se estipula como causa suficiente para la imposición de una medida disciplinaria de la naturaleza de la que usted señala, si, es legal el descuento, con independencia de que haya repuesto o no el tiempo de retardo.

Esa medida disciplinaria se impone no por el hecho que haya laborado o no la jornada cumpleta el día o días que llegó tarde, sino porque es una forma de que el trabajador se de cuenta que si al celebrar su contrato de trabajo, aceptó la jornada y horario que le fue fijado con el patrón, debe cumplirlo puntualmente, y si no lo hace, entonces resulta ser acreedor a esa sanción, para que rectifique su conducta laboral y evite incurrir nuevamente en retardos.