Sé más explícito al exponer tu situación, ¿tú eres el patrón? ¿Y diste de alta a una persona en el IMSS como ayudante? ¿Pero ese ayudante te expedía facturas? Pues como primera recomendación te sugiero lo des de baja en el IMSS, presenta las declaraciones informativas con las observaciones pertinentes sin argumentar que tu trabajador te expedía facturas, solamente que lo has dado de baja porque ya no trabaja contigo, no des explicaciones a situaciones no cuestionadas, solamente verifica que la determinación del pago realizado al IMSS estén debidamente cálculados y enterados por el supuesto periodo que laboró contigo.

Una persona puede estar contratada por Salarios Asimilados, pero si está persona Presta Servicios y expide facturas, es problema de ésta última como realiza sus declaraciones fiscales. Pero tú no puedes ser patrón de una persona que te expide facturas o recibos de honorarios, en todo caso, serías más bien cliente. Suerte.