No es normal, para eso está el justificante...  Pero ve tú a saber cómo sea tu empresa, qué tantos contactos tenga, y si tienes el ánimo y el dinero para estarte peleando con tu patrón.

El IMSS te pagará tu incapacidad de acuerdo a tu salario de cotización, y no te pueden correr, eso sí te lo anticipo desde ahora.  Cualquier abogado te defendería y obtendría éxito por un despido por causa de tu embarazo.

En cuanto al descuento,  chécalo con recursos humanos y a ver cómo se te ponen, pero no es normal .  Lo normal es el abuso de las empresas a las mujeres, eso sí es normal.  Analiza y resuelve.