Hola buenas noches:

Claro que tienes derechos sobre la menor, como el derecho a convivir con ella, si bien es cierto que bilógicamente no eres el padre, legalmente si lo eres, por lo tanto tienes el derecho de convivir y disfrutar de su presencia como tambien la obligación de proporcionarle lo necesario para sufragar sus necesidades, para el caso de que la madre la registrara en otro lugar, tu podrías solicitar la nulidad de dicha acta en virtud de que la menor ya se encuentra registrada, por la tanto la nueva acta es nula, por lo que te sugiero te aserores con un abogado familiar a efecto de que se inicie un juicio en el cual el Juez ordene a la mamá de la menor te permitar convivir con ella y a su vez tu proporciones una pensión justa para sufragar los alimentos de tu hija. Aclarando que solo pueden anular el acta donde tu la registraste como tu hija, el verdadero padre siempre y cuando se iniciara un juicio de reconocimiento de paternidad en el cual por medio de la prueba del ADN se comprobaria quien es verdaderamente el padre, pero este juicio solo puede iniciarlo el padre biológico nadamas, mientras tanto tu eres el padre y tienes derechos y obligaciones sobre  la menor.