Estimado Jose Hernandez:

A la pregunda 1): si puede quedarse con la propiedad. Lo que pasa es lo siguiente:

Si tiene mas de 10 años viviendo de manera ininterrumpida en calidad de dueño, esto es, que nadie le requirió renta o que no exista un contrato de comodato (prestamo), entonces puede demandar la "prescripcion adquisitiva de mala fe".

El sobrino dice tener un documento que dice le fue cedido esa parte del inmuble. Tambien falta ver la postura del hermano de tu padre. Es probable que la prescripcion prospere, pues tiene mas del tiempo requerido para la prescripcion.

2): Tu madre no podrá construir nada arriba de la casa del sobrino, pues ese inmueble será de su exclusiva propiedad.