Antes que nada, si las hijas son menores de edad (no especificas su edad) pero si son menores de 6 años, siempre estarán al cuidado de la madre, a no ser que la madre represente un peligro para las menores. Tu tienes derecho de convivir con ellas, y si la madre no te deja verlas en la contestación de demanda, puedes reconvenir acerca de la convivencia.

Ahora, respecto la casa, si están casados por bienes mancomunados, y la casa se adquirió después de tu matrimonio, temo decirte que la casa pertence a ambos, aún cuando esté solo a nombre tuyo, por lo que ambos tienen derecho de estar en esa casa. Ahora, sobre quien debe permanecer ahí, el juez lo decidirá, siendo más probable que sea la madre, ya que tu por ley estás obligado a darle alimentos a tus menores hijas, y ello incluye un hogar.