saludos

dices que se encuentra estancado el beneficio, porque aparece un amparo, que dices fue negado. ¿pero parece que dentro del tramite de beneficio no ha recaido resolucion en forma que te niegue los citados beneficios, es correcto? si es asi,  tienes dos opciones:

1) anexa en el expediente administrativo relativo a la solicitud de beneficio de tu papa (ya sea en el OADPRS O DIGPRES dependiendo si es federal o del fuero comun), copias certificadas de la sentencia de primera instancia, de la resolucion de segunda instancia asi como del amparo (directo). solicitalas del juzgado de primera instancia, (pero certificadas) pues ahi deben de estar agregadas las tres resoluciones. recuerda que la autoridad que concede o niega los beneficios, es diversa a las autoridades que pronunciaron sentencias y que hizo el estudio constitucional de las mismas.

2) si ya obran en el expediente administrativo, las copias certificadas ente ellas, las de la sentencia en que se niega el amparo, entonces considero viable, el que se tramite un amparo (indirecto) contra la omision de resolucion de la autoridad ejecutiva. en este supuesto, te sugiero que acompañes el acuse de recibo de la solicitud de beneficio, en el cual debe aparecer al lado del sello del acuse, que documentos se anexaron ( entre ellos debe mencionarse la sentencia del amparo). en este tipo de amparo solo lograras que se te conceda el amparo para efecto de que la autoridad responsable, emita la resolucion omisa, pero no trascendera a grado tal que deba ser favorable, necesariamente. de forma tal que si la resolucion resulte adversa a los intereses de tu papa y exista defecto en su motivacion, se debera tramitar diverso amparo, pero, ya no por la omision, sino por la indebida fundamentacion y motivacion, en su caso.

existe otra tercera opción, que por lo general, yo prefiero agotarla a la par e independientemente de las dos opciones anteriores. esta opcion consiste en tramitar una queja ante la comision de derechos humanos (comiion estatal o comision nacional), que competa, segun se trate de una condena dictada por autoridad del orden comun o del federal, pues en la aportacion no se especifica.