saludos, desde guadalajara.

en tencion a tu consulta, la cual es muy completa pues explicas los antecedentes de los hechos y aunque hay datos que no esgrimes textualmente se inducen por mera lógica jurídica, pero si es el caso que doy por cierto un dato que es inexacto,porfavor hazlo saber para enfocar mas aun la asesoria, vale.

por cuestion de método y para mayor entendimiento de tu asunto, me voy a permitir a dar contestacion a tus interrogantes no en el orden que tu citas, si no en la manera que creo resulta mas conveniente para quien te explica esto, y a fin de cuentas para que tengas una mayor facilidad en el entendimiento de tu asunto, ok.

Partiendo de la base de que el señalamiento que se hace, estriba en el articulo 11 de la ley para prevenir y sancionar la tortura, he de comentarte que el delito no se sanciona tan severamente como otras conductas de la citada ley, pues el elemento configurativo del delito que se enfrenta constituye una mera omision, esto es se traduce en un no hacer, que es lo que precisamente se reprocha, y obviamente en comparacion a otras conductas contenidas en la propia ley, resulta ser sancionada menos severo que las conductas que si implican propiamente un acto de tortura. Esto por estos razonamientos que el propio legislador no contemplo como delito grave la conducta del art. 11 de la ley federal para prevenir y sancionar la tortura, en consecuencia si es susceptible que se promueva el incidente de libertad provisional bajo caucion.

Ahora bien tus dudas relativas a que hacer ante las anomalias e irregularidades de que se fue objeto durante la etapa de av. previa, a grado tal que te preguntas, si se puede hacer valer ante el juez?, si fue ilegal o no el actuar del personal investigador y del M.P.?, asi como si procede el incidente de desvanecimiento de datos?, y finalmente si procede el amparo contra la formal prision?, te he de comentar en mi opinión que partiendo de la base de que personal actuante en dicha etapa, recabo supuestas declaraciones sin reunirse formalidades esenciales (en especifico trastoc)ando los articulos de los articulos 16 y 20 del C.f.P.P.) definitivamente el actuar de personal actuante si es ilegal y en consecuencia es susceptible de hacer valer ante el juez de la causa. Ahora bien no considero que la mejor via resulte ser el incidente de desvanecimiento de datos, pues la violacion en dado caso se ciñe a tres declaraciones de personas que refieres esta acreditado la imñposibilidad de su permanencia fisica en el lugar que se estuvo actuando en la integracion de la previa. Pero ahora, el problema que vislumbro se pueda ocasionar a la postre estriba en que para que puedas obtener un resultado favorable a raiz de un incidente de desvanecimiento de datos, requiere sine quanon, esto es requiere forzosamente el que se desvanezcan plenamente los elementos de prueba que son base para el dictado de la formal prision, luego entonces si la violacion radico parcialmente en los elementos de prueba, estos es en tres declaraciones, pero no en el total de las personas que declararon en contra de la persona, quedarian en tu caso, un estimado de 12 declaraciones no susceptibles de desvanecimiento, pues respecto a ellas no citas que hubeise habido irregularidades. Asi pues, las violaciones a que refieres, al menos en mi opinion, sosn susceptibles de hacerle valer atraves del incidente de nulidad de actuaciones contemplado en el art. 27 bis del codigo procesal federal; En el entendido que este incidente suele ser muy raro y de ordinario se requiere que la nulidad se haga valer en la sigueinte actuacione que deba intervenir quien la haga valer y a ese respecto hay jusrisprudencia en el sentido de que la diligencia subsecuente ante las violaciones que se puedan apreciar durante la etapa e av. previa, lo cosntiye la declaracion preparatoria del indiciado, situacion que ya quedó en el pasado, pues ya incluso hablas de un auto de formal prision; Obviamente que en dado caso se tendra que alegar el desconocimiento de las ciorcunstancias en que se basa la nulidad , al momento de su oportuna impugnacion.  En estos casos, es tambien conocido que ante tales circunstancias se debe valorar bien la estrategia a seguir, pues el promover el incidente de nulidad, implica la posibilidad de que el M.p. estando en tiempo ofrezca algun medio de prueba. Tambien se debe valorar que postura tienen las personas que perjudicarpon minsiterialmente al procesado, esto es si estan o no dispuestas a retracrse, ver la manera en que se podra manejar la retracatacion y su fidedigna justificacion, asi como tambien sera vital el ver con lupa la idoneidad de las documentales en que pretendes sustentar el acreditamiento de la imposibilidad fisica del declarante, ante el M.p. esto es que en verdad resulte eficaz a acreditar que no es factible que estuvise en tal lugar, pues aunque presentes documentos de que xxx estuvo en tal lugar y xxx declaro en diversa ciudad al mismo momento en que la documetal constata que se encontraba, cabrie la posibilidad de homonimia, entonces es importante el que no te limites a la exhibicion de las documentales, sino lograr su perefeccion, (dado que no refieres que tipo de documento es con el que pretendes acreditar las circunsatncias), esto es si es una documental particular, tendras que presentar a ratgificar a quien expidio el documento. Tambien sera susceptible de que ademas promuevas verbigracia, una pericial grafoscopica, tendiente a acreditar que por su firma que pueda aparecer en ambos documentos proviene de una mismo suor, o bien que  y asi acreditar que al estar en otro lugar reafirme su impsoibilidad de que estuviese rindiendo deposado alguno.

en lo tocante a tu duda sobre la procedencia del amparo en contra de la formal prision, dependeria de que no exista el recujrso de apelacion pendiente, esto es si se promovio apelacion en contra del auto e formal prision, sera imposible que se estudie via amparo el mismo acto pues simple y sencillamente existe el medio ordinario que puede tener por efecto el modificar o varias pues el acto que se reclama, esto es la formal prision, en consecuencia el amparo en dichos terminos seria sobreseido, estoe s se daria por terminado sin que se entrase a su estudio. Ahora bien, si por el contrario no se promovio apelacion en contra de la forml prision, si seria ñprocedente la ñpromocion del amparo indirecto, pero ojo... el hecho de que te diga que es procedente no implica inexorablemente que se vaya a conceder 8osea que se gane pues, para que me entiendas)  la ñprocedencia solo implica la oportgunidad de que el juez de distrito estudie los conceptos de violacion que se le planteen en la demanda de amparo y determine si concede el amparo (se gana) o lo niega (se pierde). Tambien debes de tener en cuenta que una de los principios que rigen el amparo lo constituye el que el acto reclamado se apreciara por el juez de distrito en los mismo terminos que lo valoro el juzgador, esto es, que el amparo no es por regla general un juicio de aportacion de pruebas, sino de revalorar lo que en su momento tuvo a la vista el juez de la causa para resolver o emitir el acto que se esta impugnando (auto de formal prision). Asi pues el que se obtenga un resultado favorable a raiz del amparo dependera de otros factores y de un verdadero estudio que se hiciese al expediente para la promomcion del propio amparo, ok.

En cuento a la actuacion de las autoridades ministeriales y su posible conducta delictiva,  vislumbro la psoibilidad de una responsabilidad penal, pero se tendria que verificar y sobre todo, acreditar fidedignamente el actuar del personal como ya te lo mencione. el delito se encuentra contendio en las disposiciones de los titulos decimo y decomoprimero del libro segundo del codigo penal. en especifico pudiese ser factible el de ejercicio indebido de servicio publico. tambien se debera de tener en cuenta el goce de fuero del agente del ministerio publico y que previo a proceder penalmente en contra de ellos es menester obtener una resolucion de indole admnistrativa.