intereasante tu consulta, sobre todo porque de antaño se habian sostenido criterios en diverso sentido al que refieres, especificamente la jurisprudencia que sostuvo la 1 sala de la scjn, tesis numero: 1a. 54/2008 y la cual negaba legitimacion al ofendido para acudir a la via de control constitucional. pero a raiz de la reforma constitucional al articulo 1 en que se adopto el denominado control convencional, aunado ademas a la adicion al aparatado c del articulo 20 constitucional, influyeron en la pronunciacion de diverso criterio jurisprudencial, que supongo es al que haces referencia y es la tesis 21/2012 tambien sostenida por la 1 sala y en la cual si hace factible la procedencia en tratandose de sentencia absolutoria.

ahora bien, en el caso especifico ha que haces alusion, esto es en tratandose de un ALFEPP, creo yo, al menos en mi humilde opinion (salvo la mejor opinion de otros foristas que se sumen a tu consulta) si es susceptible de impugnarse en la via constitucional tal como lo prpones, esto es en la via indirecta. y aun en los dos momentos ha que aludes.

A) pues aun de promoverlo, esto es sin esperarte a que resuelvan el recurso de apelacion, podria pensarse que se estaria en presencia de la causal de improcedencia consistente en que existe un medio de defensa ordinario que pueda tener por objeto el modificar, revocar el acto impugnado, pero lo cierto es que tambien se requiere no solo de que este latente el medio ordinario para que a la postre resulte improcedente el amparo, pues tambien el texto de la fraccion ha que alude ese tipo de improcedencia, requiere que el recurso lo haya intentado el quejoso, situacion que en tu caso no se reune, pues el apelante es el ministerio publico. a ese respecto tambien hay criterio (aislado) en otros asuntos que podrian resultar analogos al que mencionas. 

B) tambien creo que es factible la procedencia del amparo indirecto, en contra de la resolucion de 2 instancia que en su momento llegase a confirmar  el ALFEPP, (esto es esperandote hasta en tanto recayese la resolucion de 2 instancia que en su caso confirmara la libertad del indiciado) pues el recurso de apelacion en tu entidad, como bien lo dices se reserva a determinadas partes, no asi en favor del propio ofendido, en consecuencia que en mi criterio personal, considere que la ley contempla un recurso ordinario, pero lo reserva a otros menos al ofendido, y si bien este si puede interponer apelacion, lo es en ciertos casos, que no resulta serlo el acto objeto de psoible impugnacion. si bien es cierto hay criterios jurisprudenciales en contrario, especificamente uno del D.F. y que a lo mejor es el que te haga nacer la duda que tienes, es entendible, pues en la legislacion procesal del D.F. si se reconoce el derecho a apelar al ofendido, en si mismo, (situacion que tambien en tu entidad se pretende igualar aen el proyecto del codigo de procedimiento adversarial pero aun no tiene aplicabilidad). lo unico que a mi me pone en la incertidumbre, de la posible procedencia o improcedencia del amparo en esta hipotesis, es el dilucidar si no obstante que no se reconoce apelacion en favor del ofendido en contra del auto en cuestion, sera factible, la interposicion del diverso recurso de revocacion?. y es que si se concluyera que por no reconocerse apelacion a favor del ofendido, si hubiese sido factible la interposicion de la revocacion, en los terminos del artículo 288 de tu localidad, pues si tendrias el riesgo de que en esta hipotesis se considerase como un acto derivado de otro consentido y que se hiciera sobrevenir por el juez de amparo la causal de improcedencia. ahora si se concluyera, que si bien no reconoce apelacion a favor de ofendido, pero asu vez el recurso de revocacion puede interponerse contra los autos que no sean apelables y el auto de libertad si es apelable, pero tan solo que no se reconoce  a favor del ofendido, no seria obice para su admision.

tambien dejame decirte que existe la posibilidad de que el pronunciamiento del juez de distrito sea el de desecharte el amparo y que pretenda justificarse en los criterios jurisprudenciales que no reconocen legitimacion al ofendido para acudir al amparo indirecto, pero, sera cuestion de que agotes el recurso de revision.

por ultimo te aconsejo que visites la pagina del consejo de la judicatura federal e ingreses al 9 circuito y selecciones el 1 tribunal colegiado y selecciones la casilla de amparo en revision y consultes el expediente 285/2012, es una sentencia calientita, que aborda un asunto similar, no igual al tuyo, y aborda el estudio sobre el ahora llamado control convencional ( que se suma al constitucional y al difuso) y hace un estudio analitico de la reforma en materia de derechos del ofendido, creo que te va a servir.

P.D. la consulta la doy concreta y algo tecnica, pues de la forma en como te expresas, me queda claro que tienes conocimientos en el tema, o porque no decirlo, tal vez eres el abogado postulante en el asunto.