Armando- En verdad para tener una vision mas clara de el asunto de tu padre, deberias aportar un poco mas de informacion en relacion  a la fundamentacion logico juridico que utilizo la PGR para suspenderlo  como agente C en el AFI. En la practica juridica si aplicas el amparo, el C. Juez de Distrito dependera de su criterio de aplicar la jurisprudencia en estricto sentido y puede solicitar que se hayan agotado los medios de definitividad. Hay casos en los que acepta la demanda y te otorga la suspension provisional aportando las pruebas a tu favor como lo es el que no exista una sentencia en el juicio penal. Por otro lado los terminos para la interposicion de estos recursos son muy importantes. Y en el caso de Amparo indirecto tendra 15 dias habiles  para interponer el amparo apartir del dia que se le notifico la suspension, o se entero de la suspension como agente C, Y en el caso de Juicio de Nulidad  hay que checar los tiempos de interposicion del recurso de acuerdo al TFJFYA y a ley de la materia- Espero te haya servido esta informacion. Buena Suerte.