Seguramente ya es un poco tarde para esta respuesta, y la multa quedó firme y se turnará al SAT para su cobro, el fondo del asunto se encuentra en la Ley de Aguas Nacionales en los artículos 29 fracción II ó III, que es el incumplimiento legal por no contar con medidor o tenerlo descompuesto,

II.Instalar dentro de los cuarenta y cinco días siguientes a la recepción del título respectivo por parte del interesado, los medidores de agua respectivos o los demás dispositivos o procedimientos de medición directa o indirecta que señalen las disposiciones legales y reglamentarias aplicables, así como las Normas Oficiales Mexicanas.

 III.Conservar y mantener en buen estado de operación los medidores u otros dispositivos de medición del volumen de agua explotada, usada o aprovechada.

La falta se encuentra tipificada en el artículo 119 fracción VII LAN:

VII.No instalar, no conservar, no reparar o no sustituir, los dispositivos necesarios para el registro o medición de la cantidad de las aguas....

 La multa se encuentra prevista en el artículo 120 fracción III LAN, aunque recientemente reformado y ahora no serían 1002, sino 3000 DSMGVDF:

ARTÍCULO 120.Las faltas a que se refiere el Artículo anterior serán sancionadas administrativamente por "la Autoridad del Agua" con multas que serán equivalentes a los siguientes días del salario mínimo general vigente en el Distrito Federal en el momento en que se cometa la infracción, independientemente de las sanciones estipuladas en la Ley General de Equilibrio Ecológico y la Protección al Ambiente, Ley de Bienes Nacionales y Ley Federal de Metrología y Normalización y sus reglamentos, las Normas Oficiales Mexicanas, el Código Penal Federal y demás disposiciones aplicables en la materia:

 III.  1,500 a 20,000, en el caso de violación a las fracciones II, III, IV, V, VII, VIII, IX, XIII, XIV, XV, XVII, XX, XXIII y XXIV.

Las formalidades del procedimiento se encuentran previstas en la Ley Federal de Procedimiento Administrativo, tanto en lo referente a la visita de verificación, como en la substanciación del procedimiento, inicio, etapa probatoria, cierre de instrucción, alegatos y resolución.

Si no se le realizó visita de verificación, lo má probable es que se le inició el procedimiento por Revisión de Gabinete, con fundamento en el artículo 185 del Reglamento LAN, pero se me hace muy extraño que le hayan impuesto 2 multas, habría que conocer en sus términos la resolución administrativa.

Sigo a tus apreciables órdenes y recibe un saludo afectuoso.