Hola buenos días, su consulta es incosistente y confusa por los términos que maneja, habla de créditos fiscales que fueron impugnados mediante juicio de nulidad, los cuales fueron confirmados, por lo cual no estamos en presencia de CADUCIDAD (perder el derecho de llevar a cabo las facultades de comprobación) sino de PRESCRIPCIÓN (perdida del derecho para cobrar un crédito que ha sido notificado, como es el caso que plantea), el primero se encuentra regulado en el artículo 69 del Código Fiscal de la Federación y la segunda figura está prevista en el artículo 146 del mismo cuerpo legal, y si lee eso artículos el plazo para cada uno es, por regla general, de 5 años, plazos que se interrumpen con cada requerimiento o gestión de cobro, respectivamente, por lo que el plazo de 2 años a que hace referencia de ninguna manera aplica, por el contratio, mientras se tramitaron sus medios de defensa esos plazos se INTERRUMPEN, por lo que muy probablemente lso créditos aún no prescriban. Tampoco queda claro si en la misma resolución impugno ambos créditos o lo hiozo de manera separada, por lo que debe checar los antecedentes para relaizar el cáculo de prescripción.

Con relación a su pregunta, si está seguro que opera la prescripción puede presentar su instancia ante la Administración Local Jurídica que le corresponde, y la autoridad debe emitir una resolución en la que se pronuncie respecto a la prescripción, si le es negada, y a su juicio es procedente, puede impugnar ésta resolución ante el TFJFyA.