Saludos. Para ayudarle con su consulta, lo ideal sería que dijera en dónde escuchó esta expresión, en qué contexto y en referencia a qué asunto. La expresión "instancia de ventanilla", genéricamente, se refiere al acto o trámite que se desarrolla y agota de manera presencial ante un funcionario que brinda atención al público (en una "ventanilla"); como lo sería una oficialía de partes común, o el Registro Civil al expedir copia certificadas.

En materia administrativa, este significado quizá puede confundirse con la llamada "justicia de ventanilla", que no es otra cosa que el procedimiento de aclaración previsto en el artículo 33-A del Código Fiscal de la Federación, mismo que le sugiero leer. El propio artículo señala que este procedimiento no es una instancia propiamente dicha.