La obligacion del pago provisional si es que hay la tienes que pagar, con actualizacion y recargos 

ahora bien si el pago fue requerido por la autoridad antes de que tu presentaras tu declaracion aplica multa aunque esta multa si aplique , en ocasiones el acta de notificacion contiene errores

puedes litigarla como tu lo mencionas mediante el juicio contencioso administrativo, para esto deveras contratar

el servicio de una abogado fiscalista para encontrar posibles errores en el notificacion es una materia muy especializada  y como menciono el compañero anterior  deberas garantizar el credito fiscal