La incapacidad No puede quedar sin efectos es un documento que otorga el IMSS, esta fundamentada en la LIMSS

cuando capturas la Incapacidad en el SUA dejas de pagar las cuotas IMSS por ese periodo ,

Una Baja en el perido de incapacidad para el IMSS no procede,

el problema es que salio de Vacaciones De los cuales se supone segun tu redacion

que salio el 22 (sabado) de vacaciones  (si es el primer año con prestaciones de Minimas de ley

6 dias de vacaciones regresaba el sabado 29 de noviembre

en su periodo de vacaciones tiene una incapacidad por enfermedad general de la cual ella va a cobrar (no fue en la empresa)

entonces tenemos que 

le pagaste 6 dias de vacaciones 

mas la prima vacacional 25 %

En su perido de vacaciones va a cobrar el subsidio del 60 % por ser Incapacidad por enfermedad general (no fue Riesgo de trabajo)

En mi opinion yo consideraria que la empresa ya le otorgo su periodo vacacional y le pago

su accidente fue en actividades que no realizaba en la empresa por lo que yo no le daria nuevamente su periodo vacacional

Peros si decides reponerles ese periodo vacacional por ser buen empleado lo puedes hacer por que esta beneficiando al trabajador lo que en mi punto de vista seria sin goce de salario  ya que anteriormente ya le pagaste lso dias de vacaciones.. y se supone que firman antes un comprobante del periodo que toman de vacaciones y firma su cheque si es que tienen buen control interno..