La diferencia radica en cual será el fin que buscas; en México existe tal confusión, que se crean Fundaciones que en realidad son Asociaciones Civiles.

Los patronatos son una excelente fígura para allegarse de recursos economicos para un fin social altruista, pero sabes, por lo general sólo funcionan en una Fundación o una Institución de Asistencia Privada; en una AC ni siquiera están figurados.

Las fundaciones en México por lo general se crean para fondear de capital a una AC.

Si vas por la vía altruista y recibir donativos deducibles de impuestos, lo ideal es crear una A.C. la cual se regula por el CC.

Claro que esta información que te brindo es a grandes rasgos, espero y te sea útil.

Si requieres profundizar en el tema, tendras que consultar como mínimo el Código Civil de tu estado, la Ley del Impuesto Sobre la Renta, Ley de Instituciones de Asistencia Privada, Ley Federal de Fomento a las Actividades Realizadas por Organizaciones de la Sociedad Civil .