Si tu trabajador unifico los dos números, no hay un nuevo número, debieron dejar el primero que le asignaron, y el segundo ya no tiene efectos, incluso si lo quiere utilizar le van a decir que no existe, el IMSS en algunos casos sigue emitiendo las liquidaciones y las envía a los patrones, o en el IDSE se puede consultar el pago, verifica que el número que le quedo asignado al empleado sea el mismo con el que pagas, ya que de no ser así el IMSS te determinara diferencias y por consiguiente un crédito fiscal, y no solo el IMSS también el INFONAVIT, si son menos de cinco trabajadores tiene que ser directo en la oficina administrativa del IMSS con la tarjeta del IMSS patronal, pero como patrón si lo tienes que arreglar no dejar, ya que de lo contrario se presentarán las omisiones por ambas autoridades fiscales.

Saludos