No se puede estar cotizando bajo modalidad 40 y al mismo tiempo a través de un patrón.

Una vez que te asegure el patrón se te da de baja en modalidad 40.

Si el salario con que te va a dar de alta tu patrón es menor al que tienes registrado en modalidad 40, sí te va a afectar.

No se puede aportar el complemento como dices.

Lo que te sugiero es que de ser posible, tu patrón te contrate por honorarios, no te daría de alta en el IMSS, pero así podrías seguir cotizando por tu cuenta en modalidad 40.

Esto tiene sus riesgos, ya que no estarías asegurado como trabajador, pero mantendrías el tope de aportaciones.

La otra es que el patrón te de de alta con el tope de salario y tu le pagaras la diferencia, pero dudo que haya tanta confianza, además que te saldría muy caro.