Usted debe hacer lo siguiente:

La Secretaria de Relaciones Exteriores para expedir un pasaporte requiere como documentacion:

1.- Acta de Nacimiento (como en su caso el acta es extemporanea), debe conseguir ademas el acta de matrimonio de sus padres, si no cuenta con ella, el acta de nacimiento de alguno de sus hermanos. 

2.- Su credencial de Elector (la cual le fue expedida bajo el acta extemporanea)

3.- Los datos de su curp (expedido bajo su acta extemporanea)

No le causara ninguna afectacion su primera acta si usted no la menciona, debido a que todos sus documentos publicos estan expedidos bajo la segunda acta. 

Ya que si Usted decide usar su primera acta tendria que realizar un complicado papeleo, como hacer la correcion del acta debido a que se asento incorrectamente el nombre de su madre, y la obtencion de todos sus documentos bajo la primera acta.