El abandono de hogar solo tiene como consecuencia que el conyuge inocente (el abandonado) pueda obtener el divorcio.

tu no incurres en ningun delito al llevarte A TUS hijos a donde mejor te parezca, porque eres la madre

y ejerces patria potestad sobre los mismos. 

pero no estaria de mas que acudieras al ministerio publico a fin de levantar constancia de la violencia que fuiste objeto. La mejor opcion cuando hay violencia siempre es la denuncia.