Mencionas que tienes la factura, y efectivamente la factura es un documento valido para acreditar la legal estancia de mercancia en el país, la ley aduanera asi lo señala la fraccion III en el siguiente artículo

ARTICULO 146. La tenencia, transporte o manejo de mercancías de procedencia extranjera, a
excepción de las de uso personal, deberá ampararse en todo tiempo, con cualquiera de los siguientes
documentos:

l. Documentación aduanera que acredite su legal importación.
Tratándose de la enajenación de vehículos importados en definitiva, el importador deberá
entregar el pedimento de importación al adquirente. En enajenaciones posteriores, el
adquirente deberá exigir dicho pedimento y conservarlo para acreditar la legal estancia del
vehículo en el país.

II. Nota de venta expedida por autoridad fiscal federal o institución autorizada por ésta, o la
documentación que acredite la entrega de las mercancías por parte de la Secretaría.
Fracción reformada DOF 30-12-1996, 31-12-1998

III. Factura expedida por empresario establecido e inscrito en el Registro Federal de
Contribuyentes, la cual deberá reunir los requisitos que señale el Código Fiscal de la
Federación.
Las empresas porteadoras legalmente autorizadas, cuando transporten las mercancías de
procedencia extranjera fuera de la franja o región fronteriza, podrán comprobar la legal tenencia de las
mismas con la carta de porte y los documentos que establezca mediante reglas la Secretaría