Hola amigo, primero que nada déjame decirte que el hecho de que alguien tenga las escrituras originales en su poder por si solas las escrituras no constituyen derecho alguno en favor del poseedor quien es ajeno a las escrituras respectivas, es decir las escrituras solo constituyen derechos en favor de quienes aparecen en ellas. Por otro lado puedes pedir un segundo testimonio de esas escrituras ante el notario que realizo las mismas o ante el archivo general de notarias y que el gasto, si así lo quieres; el notario que te las perdió los erogue o que el te lo tramite., en ese sentido no hay que preocuparse; por otro lado, nadie puede garantizar el mal manejo de los documentos pero en todo caso de alguna triquiñuela requieren de la firma de los interesados, es decir ustedes y en su caso pudiesen objetar mediante juicio la falsedad o nulidad por no ser la firma de quien legalmente representa a su empresa, si no requieres del original también puedes solicitar una copia certificada ante el registro publico de la propiedad y del comercio, y te sirven para cualquier tramite legal., y si de plano no confías en el notario "descuidado" realiza con la copia certificada que comente anteriormente una modificación menor a la misma como puedes ser dependiendo del tipo de empresa o acta constitutiva como la inclusión de una nueva cláusula o admisión de un nuevo socio etc,etc, todo esto ante un notario de tu confianza y al registrarla ante la multicitada dependencia anulara la anterior y así estarás mas tranquilo. Para cualquier duda o aclaración de lo anteriormente sugerido, quedo a tus ordenes..