¿Es posible registrarlo en España? la respuesta es NO. Toda vez que como el menor nace en México para que pueda abandonar el pais requiere de pasaporte y para que le den éste necesita estar registrado.
¿Cómo puedo hacer para registrar en México mi hijo desde aquí? R.- Acuda al consulado Mexicano y pida un PODER GENERAL PARA PLEITOS Y COBRANZAS con clausula especial para registro de menores en México en favor de su compañera (La madre del menor) el poder debe constar en escritura publica. Se lo envia por estafeta o alguna mensajería y listo. Ella firmamrá como madre y a su vez volvera a firmar ahora como apoderada legal de usted y el menor llevara ambos apellidos.
¿Es necesaria mi presencia en México para el registro? Con poder Notarial NO. 
¿Qué documentos necesita la madre para que aparezcan mis apellidos en el acta del bebé? Su acta de nacimiento española APOSTILLADA. 
¿Puede ir un familiar mío con una carta poder o algo así para entregar mis documentos? Si pero no carta poder debe ser poder notarial
¿Puedo aplazar el registro hasta que yo pueda llegar a México? Hasta Diciembre.. Si puede hacerlo. La otra opcion es que registre la madre como madre soltera (osea ella sola con sus datos) y ya que usted llegue reconoce al menor como su hijo y listo. 
Si no tengo documentos oficiales míos en México ¿Es preferible sacar una copia del acta de nacimiento en México o enviarla desde aquí? es mejor llevarlos desde españa porque deben estar apostillados para que tengan validez en México