Firmaste un pagare y en el momento que mas le convenga al juridico de la empresa, lo puede cobrar sin ningun problema. 

En el articulo 110 de la ley federal del trabajo indica en que casos es permitido el descuento al salario

1) Pagos de excesos, errores, PERDIDAS, averias o adquisicion de productos producidos por la empresa o establecimiento. 

Por lo que es legal que te esten descontando de tu salario 

El que pidas tu renuncia no significa que ya no vayas a pagar por el error que cometiste