Puede que se te haya cambiado de regimen de contribuyentes y por lo tanto, todo el giro cambia, en realidad, en el calculo del impuesto anual ISR, no te puede salir en ceros, ya que vas a pagar por el salario que recibiste por ese año fiscal, y por lo tanto es imposible que te haya salido en ceros, desconosco porque años pasados si salia en ceros.

Que se te descontaba mes con mes, son de las declaraciones provisionales del ISR, se paga poco a poco para que cuando llegue la declaracion anual, sea menos lo que tengas que pagar al hacer esta declaracion. 

Ve a las oficinas del SAT para que te expliquen el porque de los saldos de 16000.00 aunque te recuerdo, el sistema del sat en cuestion de pagos anuales, es muy raro que se equivoque.