Por supuesto que sirven como prueba, sin embargo fueron obtenido de manera ilegal o ilícita, y me parece de sobra la aclaración de lo que es un keylogger, pero sirve para aquellos neófitos en informática. Usted lo que quiere es la pérdida de la patria potestad, porque al solicitar la guarda y custodia definitiva, no le estaría negando el derecho a la madre de convivir con los menores, así como de todas sus obligaciones. 

Únicamente solicite la guarda y custodia, y requerirá presentar más pruebas que no sean obtenidas con fines ilícitos, aunque, puede presentarlas, siempre y cuando no se opongan a las documentales en su valor probatorio, un abogado le guiará y le explicará durante el proceso lo que mejor le conviene, pero puede solicitar la guarda y custodia definitiva.