Ya estaba prescrito y antes de pagar, con esa notificacion pudo impugnarlo...sin embargo el haber realizado el pago la autoridad considera que usted hizo un reconocimiento tacito del adeudo (osea que admite que si debia esa cantidad). Tampoco es un pago de lo indebido. 

CFF Articulo 146.- El credito fiscal se extingue por prescripcion en el termino de cinco años.

El termino de la prescripcion se inicia a partir de la fecha en que el pago pudo legalmente ser exigido y se podra oponer como excepcion en los recursos administrativos. El termino para que se consuma la prescripcion se interrumpe con cada gestion de cobro que el acreedor notifique o haga saber al deudor o por el reconocimiento expreso o tacito de este respecto de la existencia del credito. Se considera gestion de cobro cualquier actuacion de la autoridad dentro del procedimiento administrativo de ejecucion, siempre que se haga del conocimiento del deudor.