Hola Gmwiley, antes que nada aclaro que yo no soy ningun experto en migración, no soy abogado, y lo que te voy a responder aquí es mi experiencia en 10 años de vivir en la unión europea y haberme casado una vez y estar por casarme en Mexico una segunda vez con ciudadano comunitario como lo es tu futuro conyuge.

A partir del 9 de noviembre 2012 entró en México una nueva ley de migración que en su articulo 9 sotiene que "Los jueces u oficiales del Registro Civil no podrán negar a los migrantes, independientemente de su situación migratoria, la autorización de los actos del estado civil ni la expedición de las actas relativas a nacimiento, reconocimiento de hijos, matrimonio, divorcio y muerte."  Con ésto se acabo el famoso permiso del INAMI que tanto estres causaba. yo pregunté directamente al INAMI por e mail y me dijeron que así es, ahora cualquiera extranjero se puede casar en México sin necesidad de nada mas que sus comprobantes de identidad.

Lo recomendable es que tu prometido te vaya enviando por email copia plurilingue de su acta de nacimiento, con esto no necesitaras traducción pericial mexicana, obvio, si en su país no existe ese tipo de acta... estaran obligados a contratar una traducción de esos documentos. Para ello el puede buscar en su país un traductor jurado por la suprema corte en español. La Republica Checa forma parte de la convención de la Haya en materia de apostilla, esto significa que él debe solicitar la apostilla de su acta de nacimiento en la suprema corte de su lugar de nacimiento. Solo asi será aceptada su acta en el registro civil mexicano.

Tambien tu prometido debera enviarte copia de su pasaporte con vigencia de mas de un año, de preferencia que scanee todas las paginas que contengan datos, uno nunca sabe que pueden pedir.  

Otro documento que a veces piden los registros civiles mexicanos es la constancia de solteria. Tu prometido puede preguntar en su alcaldia si existe tal documento. Si lo obtiene deberá hacerlo apostillar y traducir. Igualmente deberas preveer un comprobante de domicilio de tu prometido, ya sea un empadronamiento en su alcaldia o un recibo de telefono, de luz, de agua o de predial, ésto no es muy requerido, pero tu pideselo a tu novio, que te lo escanee por email para presentarlo en el registro civil de Merida.

Una vez que tengas todo esto en tu poder (obvio, las copias scaneadas, no los originales) tu debes tener tu acta de nacimiento de menos de tres meses disponible, tu credencial del IFE o pasaporte y un comprobante de domicilio tuyo reciente (no importa que sea de la casa de tus papas pero debe ser original) y con todo esto ir al registro civil a que te den una solicitud de matrimonio y con ella comenzar a integrar tu expediente. Una vez que en el registro civil te digan que todos los documetos estan OK, le escaneas a tu prometido la solicitud ya con todos los datos llenados para que él la firme y te la mande junto con los documentos originales por paqueteria (DHL, etc) una vez con todo esto, el juez del registro civil podrá darte una fecha de boda para la fecha en que tu prometido tiene planeado llegar a Mexico.