Sin importar en que año fue el préstamo y su licencia sin goce de sueldo (en una consulta dice 2007 y en otra 2009), lo fundamental es que se fue de licencia sin haber concluido el pago y a su reingreso, usted debió acudir al ISSSTE y solicitar enviaran requerimiento a la Dependencia donde labora para que reiniciaran los descuentos, esa era responsabilidad de usted por ser el deudor, la SEP en este caso solo es retenedor con la obligación de hacer un entero al ISSSTE, lógico es que si no pagó en tiempo ahora le requieran el total, le sugiero acuda a la Delegación del ISSSTE en compañía de su representante sindical y negocien que su deuda sea descontada en parcialidades de su salario.