Hola.  Si entiendo la pregunta... tu esposa tiene 2 hijos y los registra como madre soltera lo que origina se suban ambos apellidos de tu esposa es correcto?

De ser asi.. no te preocupes... acude al registro civil donde se llevo a cabo el registro y pide un RECONOCIMIENTO de esos menores y listo... debe comparecer la madre, el menor, actas de el menor y tuyas, identificacion con fotografia de la madre y tuya, comprobante de domicilio y es todo.

El menor saldra con el apellido paterno tuyo y el paterno de la mama.

Saludos