Vamos a ver, cuándo te contratas a un lugar te explican la manera en que te van a pagar. Si la empresa o clínica en este caso ha decidido que algunos los va a meter a su nomina interna, pues son decisiones basadas en su presupuesto o decisiones internas por diversos motivos. La clínica no tiene la obligación de incorporarlos a su nómina, pero si tu novia esta prestando un servicio ahí pues si tiene el derecho de percibir un ingreso, ahora la forma es como se le va a pagar. Tu novia puede sugerirles que la den de alta como honorarios asimilados a sueldos y salarios, ahí la clínica solo le retendría el ISR, o bien si ya le indicaron que se de alta ante hacienda, sería mediante honorarios, y cada que mes le puede expedir un recibo a la clínica.

Cuáles son los pros?, bueno pues que si te das de alta en Hacienda tienes que cumplir con las obligaciones como son presentar declaraciones periodicas mensuales y anuales, los contras es que si no lo haces entonces como esperas que la clínica te pague?.

Suerte!