Por lo que comenta, la dependencia o entidad trata de compensar en los rubros que no fueron contemplados en el catalogo de conceptos.

Una duda usted ¿ licit, fué por adjudicación directa o invitación restringida?

Para poder darle una mejor orientación es necesario leer el contrato así como los documentos que tengan relación directa e indirecta con la ejecución de los trabajos. No obstante, puede hacer lo siguiente:

Es muy importante que si usted no tiene acceso a la bitacora, debe de ingresar en la oficialía de pares de la dependencia  un oficio donde exponga esta situación, ya que eso de que " no hay bitacora " no es más que una chicanería de la dependencia o entidad, esto con el fin de que pueda demostrar en un futuro que usted precisamente no tenía acceso a la bitacora, ya que los tribunales han establecido que existe presunción de que el contratista tiene acceso a la bitácora, y en caso de no ser así, se debe contar con documentos que lo avalen, por ello la importantancia del oficio que le menciono. Subraye el hecho de que ha solicitado en varias ocasiones la bitacóra al supervisor de obra.

De igual forma, debe ingresar un oficio por oficialía de partes ( ya no que no hay bitácora ), manifestando que existen diferencias en los conceptos por ejecutar y que dichas cantidades se quieren aplicar a conceptos que no fueron incluídos desde el inicio de los trabajos. De igual forma, tome fotografías de los trabajos ejecutados, así como del material suministrado, con la correspondiente factura.

Le sugiero que se haga acompañar de un abogado especialiasta para que lo asesore en las platicas conciliatorias.