Esto sucede cuando las cosas no se ponen POR ESCRITO.

No nos dices a nombre de quien está la casa, si es que cuenta con escrituras públicas, pero nos dices que ellos la adquirieron, y de ser así, esta casa entra perfectamente en la sociedad conyugal.

Primeramente se debería regularizar la situación de tu difunta madre en relación a su parte de esa sociedad conyugal, pues será difícil disolverla nomas asi como así. 

Ahora que tu padre está con vida, vayan a la notaría y que el Notario les indique qué es lo más conveniente para ustedes, una vez que haya analizado la documentación.

Suerte.