Si el Juez está ordenando se le practiquen exámenes y además es parte en el juicio, no tiene nada de malo.

Incluso, por el hecho de no haber contestado la demanda, no implica que con posterioridad no pueda hacer valer recursos en contra de la sentencia. porque reitero, el es parte en el juicio...

El acuerdo que ordenó su emplazamiento debió señalar que si no contestaba la demanda, se tendrían por contestados en sentido negativos los hechos que tu manifestaste en tu escrito inicial, pero nunca le dijo que no podría apersonarse con posterioridad en el juicio.

Suerte!