Tienes que impugnarla ante el Tribunal de lo Contencioso Administrativo del Distrito Federal y/o interponer el recurso de revisión ante la propia Contraloría, pero ésta nunca va a revocar su determinación, así que te sugiero acudas ante el Contencioso.

Tienes 15 días hábiles contados a partir del día que te notifican la nueva modificación.

Asístete de Lic. en Derecho administrativo, pero que conozca de asuntos de servidores públicos.

Suerte!