Hola buenas tardes, no mencionas de qué Estado escribes, tampoco de qué instituciones gubernamentales, lo anterior es im,portante porque las contrataciones de los organismo federales se realiza a través de la Ley de Adquisiciones, Arrendamientos y Servixios sel Sector Público, en cada endidad federativa por la ley que expida el Congreso Local en esta materia, dicha ley establece el procedimiento en cómo deben llevarse a cabo las contrataciones (licitación pública, invitación o adjudicación directa) para posteriormente firmar un contrato administrativo, en caso de incumplimiento de la entidad se debe impugnar ante el Tribunal de lo Contencioso de la Entidad. Generalmente en los machotes de contratos administrativos en la última cláusula se especifica ante qué autoridad se sujetarán para la interpretación y cumplimiento del contrato.

Ahora bien, atendiendo a su pregunta de cómo realizar cobranza, pues esta función debe hacerse ante la unidad administrativa que se encargo de la contratación, generalmente es la Dirección de Administración del Organismo, quien es la que remite la documentación para su pago al área contable.

Si lo que desea es hacer el cobro judicial le sugiero que se acerque para ello con un Abogado especialista en Materia Administrativa, porque la forma en que se trámita este tipo de demanda es muy diferente al civil, porque desde el inicio debe aportar todos loe elementos de prueba y sus argumentos, los cuales no pueden ser perfeccionados una vez inicado el juicio.