Materialmente es lo mismo, pero formalmente se refiere a cuentiones diversas, interpretado de forma positiva digamos que serías los conceptos: Un Auto de Formal prisión y un Auto de Sujección a Proceso,  en donde el primero es una resolución para seguir proceso por delito que merece pena corporal (de prisión) la cuál dependiendo si el delito es grave o no será restrictiva de libertad.

En el caso del Auto de Sujección a proceso es cuando se te le va a seguir un proceso a una persona por delito que tiene contemplada pena alternativa o  no contempla la pena de prisión.

Espero te haya quedado claro, en lo que tu expones en tu consulta, sería el aspecto negativo de lo que te acabo de explicar, es decir cuando se niegan uno y otro!!

Saludos