Tienes razón cerillo,  la suplencia de la queja no puede estar por encima de las causales de improcedencia en el Juicio de Amparo, las cuales como bien sabes son de estudio preferente e impiden entrar al estudio del fondo del asunto, por ello si no se agota el principio de definitividad o el acto es considerado consentido (diversa causal) ello actualizará la hipótesis de una improcedencia en el Juicio de Garantías y provocará el sobreseimiento sin que sea factible que opere la suplencia de la queja.

Saludos