Si ya no era empleado, no tenìa relacion alguna, por tanto es robo.

Independientemente de remordimiento o lo que sea, el delito estaba consumado.

Sì, procede la denuncia, aùn cuando haya devuelto.  Aquì un gran error  serìa reconocer ante alguna autoridad que se metiò, que sintiò remordimiento,...  (seguramente le van a tratar de achacar  faltantes anteriores con mas razòn), es de imaginar que, fue, devolviò, etc. y, no mandaron a traer a la policìa, por tanto anda libre. Lo importante aquì es el estar atentos a los movimientos de la empresa y, por si las dudas armar estrategia diferente en el sentido que tratan de "meterlo en problemas para no pagarle sus prestaciones a que tiene derecho" y ampararlo para que pueda, en dadas las circunstancias poder defenderse contra esta  falsa acusaciòn.