Hay que distinguir entre unión libre y concubinato, en la unión libre pues no se generan derechos precisamente por ser una unión libre, pero en el concubinato cumplidos los requisitos que la ley señala, los derechos y obligaciones son iguales que en el matrimonio. En tu caso personal, si ambos estaban libres de matrimonio y sin impedimientos para contraer éste, se refuta que es un concubinato.

El porcentaje de pensión lo fija el juez en base a las posibilidades de quien la otorga y a las necesidades de quien la recibe, pero si tienes dos hijos y aparte ella, si no trabaja, pues aproximadamente pueden otorgarle un 50% de tu salario.

En cuanto a la casa no hay mayor problema, nadie puede disponer de lo ajeno, así que si no es tuya, no hay problema, en cuanto a los demas bienes, ella tiene derecho a una pensión alimenticia por un tiempo igual al que duró el Concubinato. Pero si logras acreditar ingratitud de parte de ella (dices que abandonó el hogar) entonces no tiene derecho ella a pensión, pero sí tus hijos, a los cuales podrás ver ya que te fijaran un regimen de convivencias, pero lo mejor es que te asesores con tu abogado de confianza, que te brindará orientación a detalle. Saludos