Hay casos en que cuando el trabajdor activo pasa a ser pensionado, deja de recibir su sueldo por algun tiempo, pero despues causa alta ya en la nómina de pensionados y se le paga todo el retroactivo, no mencionas si el deudor alimentario ya esta cobrando nuevamente como pensionado y si a la señora no le pagan.

Porque lo normal es que cuando al pensionado le paguen, de igual forma a la señora le pagaran los meses que dejó de cobrar y ya subsecuentemente cada mes cobrará la pensión alimenticia.

En caso de que el Pensionado ya esté cobrando y la señora no, te recomiendo que acuda al área de nóminas del Instituto para verificar el porque no se esta aplicando el descuento, si te comentan que es porque no hay una orden vigente puedes exhibirles la copia de la sentencia u orden de descuento que tengas, Y si todo lo anterior es infructoso, solicita al Juez del conocimiento gire oficio al Instituto para que apliquen el descuento. Saludos