el juicio de amparo indirecto se tramita por cuerda separada, es decir, la substanciación del recurso de amparo es independiente del proceso penal, en el amparo se llama quejoso y en el proceso penal procesado, inculpado, etc.

tal como refieres en la trascripción, así es,deberá suspenderse el proceso una vez cerrada la instrucción, esto es antes de entrar al estudio para dictar sentencia definitiva, mientras puede aportar pruebas en el proceso, eso es INDEPENDIENTE., si el juez de la causa, requiere se promueva en la misma y se aperciba en caso contrario esta en toda razón,, pues acordó en consecuencia de qeu en el expediente existe inactividad procesal. OJO con eso, no te suspende el proceso, porque el amparo lo único que resolverá es hasta antes de dictarse el auto de formal prision (acto reclamado) no despues de.