estimado consultante:

Todo mexicano que recibe ingresos esta obligado a contribuir con el gasto publico (pagar impuestos), depende el regimen fiscal, es la carga fiscal respecto de sus ingresos.

REPECO (regimen de pequeño contribuyente) paga una cuota bimestral (el importe depende de la entidad federativa) y solo le obligan a expedir notas de venta (no es factura pero tiene caracteristicas similares)

INTERMEDIO - REGIMEN GENERAL DE LEY ( empresas que facturan) el calculo depende de las obligaciones, es decir depende de los impuestos que segun su actividad tendra que enterar (depende mucho como lo den de alta ante Hacienda (SAT).

En mi humilde opinión su desicion tomela en función de su clientela y los ingresos que esta le genera, si es necesario pida la asesoria de un Contador Publico o Fiscalista.

Saludos