Aunque creo que no contesté a sus cuestionamientos principales.

"....por que se causa el iva, las excenciones, por que se retiene el iva y la retencion del isr...."

Por el poder de imperio del estado, que es la facultad que tiene para imponer contribuciones mediante Ley, se paga el IVA, el ISR, la Tenencia, el IDE etc. y se retienen, porque la ley de la materia vigente así lo ordena. Las leyes y los impuestos se ganan en las urnas.