No, tal vez no te pudieron dar de alta en el IMSS por que no tienes numero de Seguridad Social.

Has trabajado anteriormente y estado asegurado? si la respuesta es NO, debes ingresar a la pagina del IMSS y "pre-afiliarte" dando datos personales, obtendras un numero de Seguro Social y con ese numero se lo proporcionas a tu patron y el pagara las cuotas, en ese momento el numero ya no es provisional y se convierte en tu numero de SS.

Aunque no es requisito para trabajar ni para asegurarte en el IMSS darte de baja en el SAT, para no tener problemas de adeudo de impuestos posteriormente deberias tramitar la "suspencion de labores", si pretendes ademas de este trabajo seguir trabajando por tu cuenta y dando facturas o recibos de honorarios puedes seguir con tu regimen, solo no olvides pagar tus impuestos mensualmente y cuando no emitas recibos realizar la "declaracion en ceros", que se puede hacer por internet.