Para empezar el criterio que citas es una Tesis aislada, no una jurisprudencia, por lo tanto no es obligatoria su aplicación y observancia por ningúna autoridad Jusrisdiccional, es solo un criterio que puediera servir de sustento u orientación para el juzgador, pero no esta obligado a acatarla, ahora bien, el texto de la tesis que citas se refiere a los juicios de nulidad ante el Tribunal Federal de Justicia Fiscal y Administrativa, y de ninguna manera se refiere a la substanciación del Juicio de amparo sea uniinstancial o biinstancial, asi que como ya se te expuso anteriormente por otros foristas,  cuando invoques tesis o jurisprudencias debes, primeramente tu analizar que se apliquen al caso concreto, y posteriormente vertir tus razonamientos ante el órgano de control constitucional. Saludos