Si ya les mencionaron que no se puede... es porque no se puede.

Aunque la historia de tu suegra sea la mas triste de las tristes, eso no cambia nada con el hecho de que tu esposa tenga un apellido paterno, asi que te recomiendo hacer las cosas bien y no perjudicar en un futuro a tu hijo(a)

Una de las fuentes del derecho es la "Costumbre" y si por costumbre solo se ponen los apellidos paternos, luego entonces es una "Ley" que solo se pongan los apellidos paternos (a menos que se registre como Madre o Padre soltero, en cuyo caso se pondrian los dos apellidos del registrante)